Kháng sinh Polymyxin tương đối độc hại thần kinh và độc thận, vì vậy thường chỉ được sử dụng như là phương sách cuối cùng nếu kháng sinh hiện đại không hiệu quả hoặc chống chỉ định. Sử dụng điển hình là đối với các bệnh nhiễm trùng gây ra bởi các chủng vi khuẩn Pseudomonas aeruginosa hoặc carbapenemase kháng thuốc do Enterobacteriaceae gây ra.[1][2] Polymyxin ít ảnh hưởng đến các sinh vật gram dương và đôi khi được kết hợp với các tác nhân khác (như với trimethoprim / polymyxin) để mở rộng phổ hiệu quả.[3]

Polymyxin B không được hấp thu từ đường tiêu hóa, vì vậy chúng chỉ được dùng bằng đường uống nếu mục tiêu là khử trùng đường tiêu hóa.[3] Một cách điều trị khác được chọn để điều trị toàn thân, ví dụ, tiêm (thường tiêm tĩnh mạch) hoặc bằng đường hô hấp.[1][3] Chúng cũng được sử dụng bên ngoài dưới dạng kem hoặc thuốc nhỏ để điều trị viêm tai ngoài externa (tai bơi) và là một thành phần của thuốc mỡ kháng sinh ba để điều trị và ngăn ngừa nhiễm trùng da.[3][4]